I. Kök: Sarcomastigophora
Kamçılı ve amoboid hareket eden protozoonları içerir.
II. Kök: Apicomplexa (Sporozoa)
Gelişmelerinin bazı dönemlerinde apical complex denen yapıya sahiptirler.
III. Kök: Microspora
Tek hücreli sporlar şeklindedir. Tek veya 2 çekirdekli sporoplazma taşırlar.
Genelde zorunlu hücre içi parazitidirler.
IV. Kök: Myxozoa
Çok hücreli sporlar şeklinde görülür. Çoğunlukla balıklarda parazitlenirler.
V. Kök: Ciliophora
Ciliumlu protozoonlardır. Genelikle makro ve mikronucleus taşırlar. Çoğunluğu
serbest yaşar. Geviş getiren hayvanların rumeninde bulunanlar commensal yaşarlar.